История начинается в неспокойном мире, где могущественная организация под названием «Тамплиеры» веками тайно управляет человечеством, стремясь к абсолютному контролю через порядок и послушание. Их вековым противникам, ордену Ассасинов, исповедующему свободу воли и противящемуся любым формам порабощения, нанесён сокрушительный удар. Калум Линч, приговорённый к смерти за преступление, которого не совершал, получает неожиданный шанс на жизнь. Его спасают современные представители тамплиеров, которые предлагают ему принять участие в революционном проекте «Анимус» — устройстве, позволяющем переживать генетические воспоминания предков. Цель благородна на словах: найти древний артефакт, Частицу Эдема, который, как считается, способен искоренить насилие в человеческой природе. Однако, погружаясь в воспоминания своего далёкого предка, Агилара де Нерхи, испанского ассасина эпохи Инквизиции, Калум начинает открывать для себя горькую правду. Он обнаруживает, что сам является потомком кровной линии хранителей свободы, а его новые покровители преследуют куда более мрачные и прагматичные цели, желая использовать артефакт для окончательного порабощения человечества, а не его исцеления. По мере того как Калум всё глубже погружается в жизнь Агилара, граница между прошлым и настоящим начинает стираться. Он не просто наблюдает за событиями, а приобретает навыки, знания и физическую память своего предка, становясь невольным участником древней войны. В Испании XV века он вместе с Агиларом и другими ассасинами сражается за спасение Частицы Эдема от когтей Томаса де Торквемады, великого инквизитора и союзника тамплиеров. В современном мире Калум, раздираемый внутренним конфликтом и обретая новую идентичность, должен сделать судьбоносный выбор: продолжать ли играть роль пешки в руках тамплиеров или же принять своё наследие и восстать против системы, в которую его втянули. Его личное путешествие превращается в эпическую битву за сознание, где прошлое напрямую говорит с настоящим, а решение одного человека способно определить будущее всего человечества, поставив под вопрос саму природу свободной воли и цену, которую мы готовы заплатить за иллюзию безопасности и порядка.